L'habitat naturale dell'oasi faunistica di Manzolini-Tivoli  è quello palustre, con presenza di aree completamente ricoperte dal canneto a cannuccia di palude, idonee alla riproduzione dell'airone, del falco di palude e del tarabusino. Le basse lame d'acqua (terreni paludosi formati dal raccogliersi delle acque), mantenute con prelievi effettuati dal canale di San Giovanni, le barene fangose (dossi sabbiosi che emergono dall'acqua) e le isole favoriscono la sosta e l'alimentazione degli uccelli, in particolare, limicoli e anatre di superficie. Sempre nelle acque basse e sugli argini sono presenti aironi, cenerino e bianco maggiore, garzette e nitticore. I piccoli stagni ed i canali con acque poco profonde, che si formano tra i canneti, sono frequentati dagli anfibi: il rospo comune, il rospo smeraldino, le rane verdi, la raganella, il tritone crestato italiano e il tritone punteggiato. Sulle rive e sugli isolotti privi di vegetazione non è difficile avvistare la testuggine palustre europea, un rettile che sosta al sole per termoregolarsi.